建所以来，上海农药研究所先后开发了150多项科研成果，其中90多项已投入工业化生产（包括20余项中间体）主要品种有：三唑酮、井冈霉素、浏阳霉素、阿维菌素、生物法生产丙烯酰胺、氰戊菊酯、吡虫啉、快杀稗、敌鼠隆、草除净、烟酰胺等。至今，共申请了国内外专利14项，获国家、部和省市级科技进步奖53项。并长期承担和完成了10多项国家科技攻关项目。

　　目前，上海市农药研究所设有化学合成、生物工程、生物活性测试、农药中间体分析检测、情报信息、进出口业务部等部门。

　　研究与开发：

　　主要从事化学合成和农用抗生素创制研究开发，新化合物的生物活性药的作用机理、室内药效与田间药效试验等研究工作。

　　化学合成研究：主要从事农药新品种的合成工艺研究开发，现有农药品种生产工艺改进，农药中间体及其他精细化工产品的合成工艺研究。我所目前正在从事恶唑磷和醚菊酯的研究与开发工作。

　　生物工程研究：主要从事农用抗生素的开发研究，利用生物酶的特性进行化合物的合成、拆分、转位等。我所独创的生物法丙烯酰胺已产业化，在全国各地建立了多套生产装置。

　　剂型的研究与开发：目前正在开发阶段的有毒死蜱30%微乳剂。